吉安的历史悠久。早在5000多年前的新石器时期，就有先民在这片肥沃的土地上披荆斩棘，生息繁衍。吉安市河东案山古文化遗址可以得到证明。夏商吉安市为中原九州之一的扬州西南境域；西周属周文王五世孙周章封地；春秋属吴。周元王三年（公元前473年），地入越。周显王三十五年（公元前334年），地入楚。秦始皇二十六年（公元前211年），分天下为三十六郡，始置庐陵县，属九江郡。故吉安市古称“庐陵”。汉代庐陵属豫章郡。三国时期，豫章郡属吴，兴平元年（公元194年），孙策分豫章郡置庐陵郡，郡治在今泰和县城西北15公里处。建安四年（公元199年），郡治迁西昌县治（今泰和县城西1.5公里）。西晋元康元年（公元291年），庐陵郡治迁石阳城（今吉水县城东北8公里处）。东晋咸康八年（公元342年），太守孔伦迁建郡城于今吉安市区孔家湾附近。隋开皇十年（公元590年），改庐陵郡为吉州，故吉安又有“吉州”之称，迁建州城于今吉安市区赵公塘一带；大业三年（公元607年），复改吉州为庐陵郡。唐武德五年（公元622年），再改庐陵郡为吉州；永淳元年（公元682年），迁建州城于今吉安市区北门街道辖区内；天宝元年（公元742年），改吉州为庐陵郡；乾元元年（公元758年），复改庐陵为吉州。宋开宝八年（公元975年），置吉州庐陵郡军事。元至元十四年（公元1277年），废吉州军事，置吉州路总管府，领庐陵等8县；元贞元年（公元1295年），改吉州路为吉安路，辖吉水、安福、泰和、永新四州、五县，取吉水、安福两州各一字命名为吉安路，寓“吉泰民安”之意，“吉安”之名自此始。明洪武元年（公元1368年），废吉安路，置吉安府，辖9县。清初沿明制；乾隆八年（公元1743年），析永新及安福地置莲花厅，领9县1厅，直至清末。
    民国元年（1912年），废吉安府，直属江西省。1914年，置庐陵道于宜春，辖21县，改庐陵县为吉安县。1916年，庐陵道迁至吉安。1926年，废庐陵道，直属江西省。1932年，全省划行政区，置第九行政区公署于吉安。1939年，改第九行政区为第三行政区，设行政督察专员公署于吉安。
    1949年6月30日，中共江西省委召开第三次会议，决定成立中共吉安地方委员会、吉安公区行政督察专员公署；7月16日，吉安城解放、地委、专署机关人员进驻吉安城；9月，吉安分区改为吉安专区；中共吉安地委初属江西省委和赣西南行政区党委领导。1951年7月赣西南行政区党委撤消后，一直归属江西省。1968年5月，改吉安专区为井冈山地区。1979年7月再度改为吉安地区。2000年5月11日，经国务院批准，撤销吉安地区设立地级吉安市，辖吉州区、青原区、井冈山市、吉安县、吉水、安福、峡江、新干、永丰、泰和、万安、遂川、永新一市二区十县。