不过,统治阶级贪婪本性,决定了王室内部为权力和利益斗争的局面不可避免。《史记殷本纪》中记载;「自中丁以来,废适而更立诸弟子,弟子或争相代立,比九世乱,于是诸侯莫朝」。从仲丁算起,经九世正好到盘庚时期,说明这一期间商王室内部为争夺王位,内乱不止,致使外患不断。这期间,商王朝曾多次迁都。
据文献记载,商代曾五次迁都。《竹书纪年》记载,商王仲丁「自亳迁于嚣」、河甲「自嚣迁于相」、祖乙「居庇」、南庚「自庇迁于奄」、盘庚「自奄迁于北蒙,曰殷」。不过考古学家至今只发现了偃师二里头、郑州商城、偃师商城和安阳殷墟四个都邑遗址。这四个遗址的面积都很大,均在三、四百万平方米以上。考古学家已在这四个遗址中发现了大型宫殿基址、墓葬及作坊等重要的遗存,如二里头遗址中部发现的一号宫殿,面积达一万平方米。在偃师和郑州发现了规模很大的城垣。安阳殷墟还发现了规模宏大的王陵区祭祀场。从这些发现与文献记载可以知道,商代已经建立起比较完备的国家机构,有各种职官、常备的武装(「左中右」三师),有典章制度、刑法法规等等。但上述这几个都城,它们与文献中记载的名字是甚么关系,学术界还有不同看法,只有安阳殷墟是盘庚以后诸王世的都城、看法比较一致。