清初以来，寺屡经兴废。雍正年间，住持孚庵，因寺院田产案胜诉，维护了静安寺的田产，并勒石记其事。乾隆六年礼部侍郎麦焕捐款重修大殿。乾隆四十三年歙人孙思望倡议集资重修殿宇。上海道盛保又修建寺前涌泉亭，并于寺东建报恩院供僧众居住。寺僧大海，曾将寺内被火焚余的宋代银杏树干，雕成十八尊罗汉及一尊韦驮像于寺内供奉。咸丰同治之际，静安寺毁于太平天国战火，唯余一座大殿。住持鹤峰在缙绅李朝观、姚曦、浙江富商胡雪岩等资助下，于光绪六年重建静安寺，翌年四月初八寺宇落成，按佛教仪轨举行隆重的浴佛节，四众云集，车水马龙，商贾辐，蔚为奇观。自此形成有名的一年一度静安寺庙会，“三月三到龙华，四月八到静安”遂成为沪上民谚民俗。光绪九年由李朝观作记、住持鹤峰勒碑，《重建静安寺记》碑文今仍保存于大雄宝殿前壁。
光绪二十年住持正生于大殿左右两侧增建两座楼房，再次修葺全寺，使静安寺恢复旧观。光绪三十年在上海南翔建“静安南翔塔院”一座，将静安寺历代祖师灵骨迁葬该院，并建祖师祠，供历代祖师牌位。塔院旁建有僧舍，派专人管理。直到民国年间，尚有七十三间房屋，土地六十四亩。
1912年至于1916年，静安寺成为上海和全国佛教活动的重要寺院之一。1912年，第一个全国性佛教组织——中鸾套芑岢闪ⅲ嶂飞栌诰舶菜拢撵?八指头陀)任会长。次年，寄禅为保护全国寺庙财产，赴京请愿未果，不幸圆寂于北京法源寺。上海及全国佛教界在静安寺召开追悼大会，太虚大师在会上提出“教理、教制、教产”三大革命说，对全国佛教影响很大。1913年3月，中华佛教总会在静安寺如开首次全国代表大会，会议推选冶开、熊希龄为会长，清海为副会长，圆瑛为参议长。
