大多史学家都认为明朝是16皇帝，从太祖到毅宗，也有的认为是17帝，加上安宗。有的人认为：“如果承认南宋最后两位皇帝，在福州即位的宋端宗赵昰，，景炎帝，，和在崖山即位的宋末帝赵昺祥兴帝，就应该承认明朝最后几位皇帝即１９位，加上安宗，安宗，昭宗三位。”
明朝万历朝中期始，皇帝怠政，官员腐化，关外女真叛乱，明朝开始走向衰亡。天启年间阉党专政加快了这一进程的发展。至崇祯年间，多处爆发民变，后金军队也突破长城，五入关内。
公元1644年，大顺军队攻占北京，崇祯帝自缢，但由明朝宗室在华南又斗争了数十年，直到明永历年间，1680年代，方被清军彻底灭绝。
南明至少有五个皇帝，两个监国。明安宗弘光帝、明绍宗隆武帝和明昭宗永历帝得到史学届普遍承认，鲁监国、潞监国没有称帝，不算；隆武帝弟弟绍武帝和永历帝一起称帝，但很快就殉国了，连庙号也没有，可以不算；定武帝据研究是讹传，也不算。
明初以应天府今南京为京师，明成祖朱棣在位时以顺天府今北京为京师，应天府改为留都永乐三年，朱棣将北平改名北京，称行在，并设立北京国子监等衙门。永乐四年，他下诏在北京修建宫殿。1409年，朱棣巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝，已经显示迁都的迹象。经过十几年的经营，北京初步得到了繁荣。1416年，朱棣公布迁都的想法，永乐十五年开始大规模营造北京，永乐十八年宣告完工，永乐十九年正式迁都，从此明朝根植于北方，除“南明王朝”外，大多皇帝在当时的北京寿终正寝。
